化学键合相色谱仪的固定相是通过化学反应将各种不同的有机基团以共价键连接到色谱柱载体表面上，形成均一、牢固的单分子薄层。化学键合相色谱仪有正相键合相色谱仪和反相键合相色谱仪。 一、正相键合相色谱仪分离原理： 正相键合相色谱仪使用的是极性键合固定相。极性键合固定相是全多孔型或表面多孔型微粒硅胶载体经酸活化处理后制成表面含有大量硅羟基的载体，再与含有胺基（NH2）、腈基（－CN）和醚基（－O－）的硅烷化试剂反应，生成表面具有胺基、腈基和醚基的极性固定相。溶质在此类固定相上的分离机理属于液液分配色谱。 二、反相键合相色谱仪分离机理： 反相键合相色谱仪使用的是非极性键合固定相。非极性键合固定相是全多孔型或表面多孔型微粒硅胶载体经酸活化处理后与含有烷基链（C4、C8、C18）和苯基的硅烷化试剂反应，生成表面具有烷基或苯基的非极性固定相。 目前，反相键合相色谱仪分离机理有两种论点：一种认为属于液液分配色谱，另一种认为属于液固吸附色谱。 液液分配色谱分离机理是假设在由水和有机溶剂组成的混合溶剂流动相中，弱极性有机溶剂分子中的烷基官能团吸附在非极性键合固定相表面的烷基基团上，而溶质分子在流动