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“营改增”后被挂靠方无法取得足额进行而负担高额税负发票
按照既有的挂靠业务模式，在营业税时代，项目所需物料、服务均由被挂靠方自行采购，之后被挂靠方另外向挂靠方提供抬头为挂靠方的发票，挂靠方将其作为成本入账。在“营改增”后，项目所需物料、服务等所对应的发票均为增值税发票，此时成本费用支付为实际挂靠方采购，对外进行付款，对应的发票按照税法规定应向挂靠方开具，如挂靠方指示销售者开具抬头为被挂靠方的发票则存在被认定为虚开增值税发票的税务风险，同时被挂靠方取得的发票无法满足增值税“三流一致”的征管要求，被挂靠方即便取得了相关增值税发票，也应被认定为未取得符合税法规定的票据，对应进项应予转出。在“营改增”后，被挂靠方无法再向先前那般向挂靠方提供发票。
因此，按传统的挂靠经营模式，“营改增”后被挂靠方无法取得合规票据抵扣其增值税进项及作为成本入账，将面临着高昂的增值税及所得税负担；而实际支出成本的挂靠方空有进项税额而未实际对外开具增值税发票，取得销项税额，将生产大量留抵税额，不得抵扣。
1、项目经理负责制下挂靠方将负担高额个税
在“营改增”前，采用项目经理承包制进行的挂靠常采用如下的运作模式：被挂靠方与挂靠方的负责人签订劳动合同，聘用其作为公司的员工并任命其为挂靠项目的项目经理，以固定的金额由负责人承包挂靠项目，负责项目的具体运作。假定被挂靠方就挂靠项目的收费为100万元，挂靠费率为2%，此时挂靠方的责任人作为项目经理即以98万元的价格承包该项目，对外采购物料，并在项目结束时向挂靠方提供98万元的发票报销领款。被挂靠方即通过发票以成本列支的方式获取了实际利润，作为被挂靠方员工的项目经理也无须缴纳相应的个人所得税。
“营改增”后，被挂靠方在未发生真实交易的情况下取得被挂靠方提供的增值税发票将面临较高的税务风险，为合规操作，被挂靠方无法取得挂靠项目对外收入所对应的发票，同时，对于项目经理而言，其无法就承包项目提供足额的符合税法规定的票据，若依然按照之前的模式向项目经理支付利润，项目经理将承担高额的个税负担。
2、对挂靠方与被挂靠方的会计核算体系的影响
挂靠在形式上是由被挂靠方向业主方提供服务取得收入，但实际上却是挂靠方进行经营取得所得，因此，就存在着被挂靠方与挂靠方如何在在会计上对收入进行核算的问题。根据会计准则按业务的实际实质进行会计确认的原则，此时被挂靠方应仅能确认挂靠费收入，而挂靠方将实际业务所得确认为收入。
在“营改增”前，部分被挂靠方为增加自身收入，强行将挂靠项目的业务收入作为自身收入进行会计确认，并要求挂靠方向其提供收入对应的票据，作为成本入账。挂靠方向被挂靠方提供票据后，自身无法提供成本支出相关的发票，因此多与税务机关沟通，以企业财务核算不健全为由申请核定征收。
在“营改增”后，挂靠方与被挂靠方的收入均属于增值税的应税范围，由于增值税对于发票管理的高要求，被挂靠方要求挂靠方提供发票将面临巨大的税务风险，同时，挂靠方若被核定征收，将失去开具增值税专用发票及按一般计税方法缴纳增值税的权利，因此，挂靠方将挂靠项目收入作为自身收入确认的会计核算方法将面临着巨大的税务风险，各方应及时调整收入的确认模式。
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